Молекулярно-генетические особенности BRCA- ассоциированного рака молочной железы

Целью работы является выявление значимых мутаций генов BRCA1 и BRCA2, характерных для популяции Центрально-Черноземного региона России. В качестве объекта исследования выступали образцы ДНК от женщин с РМЖ с отягощенным семейным анамнезом и без него. При помощи платформы Ion Torrent PGM был проведен полноэкзомный анализ генов BRCA1 и BRCA2. В результате обнаружен ряд мутаций данных генов, как клинически значимых для российской популяции, так и не ассоциированных с ней.

РЕФЕРАТ 2

ПЕРЕЧЕНЬ СОКРАЩЕНИЙ, УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ, СИМВОЛОВ, ЕДИНИЦ И ТЕРМИНОВ 4

ВВЕДЕНИЕ 5

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 6

1.1. Рак молочной железы и рак яичников 6

1.1.1. Наследственный рак молочной железы и яичников 7

1.1.2. Рекомендации по проведению молекулярно-генетического анализа у больных РМЖ и/или РЯ 13

1.2. Значение генов BRCA1 и BRCA2 18

Глава 2. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 20

2.1. Цель и задачи исследования 20

2.2. Объект и методы исследования 21

2.2.1 Проведение качественного и количественного исследования образцов ДНК 21

2.2.2. Приготовление библиотек для секвенирования на платформе Ion Torrent PGM при помощи набора Ampliseq Library Preparation 23

2.2.3. Проверка соответствия библиотек секвенирвания для проведения высокопроизводительного секвенирования на платформе 

Ion Torrent PGM……………………………………….……………………..27

2.2.4. Приготовление обогащенных частиц при помощи системы Ion One Touch 2 31

2.2.5. Проведение секвенирования на платформе Ion Torrent PGM 37 

2.3. Полученные результаты и их обсуждение 43

ЗАКЛЮЧЕНИЕ 44

ВЫВОДЫ 45

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ 46

1. Автомонов Д.Е. Клинико-морфологические характеристики и прогноз BRCA-ассоциированного рака молочной железы у женщин репродуктивного возраста / Д.Е. Автомонов [и др.] // Опухоли женской репродуктивной системы. – 2012. - № 1. – С. 20—24.
2. Аксель Е.М. Заболеваемость и смертность от злокачественных новообразований органов женской репродуктивной системы в России / Е.М. Аксель // Онкогинекология. – 2015. - № 1. - С. 6–15.
3. Александрова Л.М. Результаты выявления рака молочной железы при диспансериза­ции женского населения России. Исследования и практика в медицине / Л.М. Александрова, А.М. Калинина // I Национальный конгресс «Онкология репродуктивных органов: от профилактики и раннего выявления к эффективному лечению», 19 — 21 мая 2016 года. : тез. докл. – М., 2016. - С. 21.
4. Батенева Е.И. Обоснование состава диагностической панели для генетического скрининга больных раком молочной железы и/или раком яичников: спектр частых мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 в российской популяции / Е.И. Батенева [и др.] // Медицинская генетика. – 2013. – Т. 12. – С. 26-31.
5. Батенева Е.И. Частота одиннадцати мутаций генов BRCA1 и BRCA2 в неотобранной выборке больных раком молочной железы россиянок / Е.И. Батенева [и др.] // Уральский Медицинский Журнал. — 2011. — № 3. — С. 69–73.
6. Бит-Сава Е.М., Белогурова М.Б. Наследственный рак молочной железы / Е.М. Бит-Сава, М.Б. Белогурова // Сибирский онкологический журнал. – 2013. - № 1. – С. 75–81. 
7. Гервас П.А. Клеточные и молекулярные маркеры эффективности терапии злокачественных новообразований: популяционные и этнические аспекты / П.А. Гервас [и др.] // Сибирский онкологический журнал. – 2015. - № 2. – С. 23-26.
8. Давыдов М.И., Аксель Е.М. Статистика злокачественных новообразований в России и странах СНГ в 2010 году / М.И. Давыдов, Е.М. Аксель. М. : МНИОИ им. П.А. Герцена филиал ФГБУ «ФМИЦ им. П.А. Герцена» Минздрава России, 2012. - 307 с.
9. Имянитов Е.Н. Наследственный рак молочной железы / Е.Н. Имянитов // Практическая онкология. – 2010. - №11. – С. 258—266.
10. Каприн А.Д. Злокачественные новообразования в России в 2013 году (заболеваемость и смертность) / А.Д. Каприн, В.В. Старинский, Г.В. Петрова. - М. : МНИОИ им. П.А. Герцена филиал ФГБУ «ФМИЦ им. П.А. Герцена» Минздрава России, 2015. - 250 с.
11. А.А. Гофман // Российский онкологический журнал. – 2014. - № 2. – С. 40-46.
12. Медико-генетическое консультирование и ДНК-диагностика при наследственной предрасположенности к раку молочной железы и раку яичников / Л.Н. Любченко, Е.И. Батенева — М.: ИГ РОНЦ, 2014. — 76 с.
13. Состояние онкологической помощи населе­нию России в 2015 году / А.Д. Каприн [и др.]. – М. : МНИОИ им. П.А. Герцена филиал ФГБУ «НМИРЦ» Минздрава России, 2016. - 236 с.
14. Чойнзонов Е.Л. Популяционный раковый регистр Томской области: возможности и перспективы / Е.Л. Чойнзонов, Л.Д. Жуйкова, С.А. Коломиец, Ю.И. Тюкалов // Врач и информационные технологии. - 2012. - № 3. - С. 16–24.
15. Шахсуварян С.Б. Рак молочной железы: классификация, диагностика, лечение, количественная оценка степени функциональных нарушений при осуществлении медико-социальной экспертизы / С.Б. Шахсуварян, Е.С. Красновская, О.Ю. Верташ // Инвалидность вследствие злокачественных новообразований. ФГБУ ФБ МСЭ Минтруда России, г. Москва. - 2016. - № 3. – С. 47-63.
16. Antoniou A.C. Breast-cancer risk in families with mutations in PALB2 / A.C. Antoniou [et al.] // N Engl J Med. – 2014. - № 371. - P. 497–506.
17. Anwar S.L. Screening of BRCA1/2 mutations using direct sequencing in Indonesian familial breast cancer cases / S.L. Anwar, S.J. Haryono, T. Aryandono, I.G. Datasena // Asian Pac J Cancer Prev. – 2016. - № 17. - P. 1987-1991.
18. Balabanski L. Next-generation sequencing of BRCA1 and BRCA2 in breast cancer patients and control subjects / L Balabanski [et al.] // Mol Clin Oncol. – 2014. - № 2. – P. 435-439.
19. Bodian D.L. Germline variation in cancer-susceptibility genes in a healthy, ancestrally diverse cohort: implications for individual genome sequencing / D.L. Bodian [et al.] // PLoS One. – 2014. - № 11. – P. 127-135.
20. Couch, F.J., Nathanson, K.L., and Offit, K. Two decades after BRCA: setting paradigms in personalized cancer care and prevention / F.J. Couch, K.L. Nathanson and K. Offit // Science. – 2014. - № 343. – P. 1466–1470.
21. Desmond, A. Clinical actionability of multigene panel testing for hereditary breast and ovarian cancer risk assessment / A. Desmond [et al.] //JAMA Oncol. – 2015. - № 1. - P. 943–951.
22. Giulia Cini. Tracking of the origin of recurrent mutations of the BRCA1 and BRCA2 genes in the North-East of Italy and improved mutation analysis strategy / Giulia Cini [et al.] // BMC Medical Genetics. – 2016. - № 6. – P. 128-174.
23. Joonyoung Her. Factors forming the BRCA1-A complex orchestrate BRCA1 recruitment to the sites of DNA damagе / Joonyoung Her, Nam Soo Lee, Yonghwan Kim, Hongtae Kim // Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai). – 2016. - № 48. P. 658-664.
24. Kurian A.W. Next-generation sequencing for hereditary breast and gynecologic cancer risk assessment / A.W. Kurian, K.E. Kingham, J.M. Ford // Curr Opin Obstet Gynecol. – 2015. - № 27. – P. 23–33.
25. Moyer V.A. Risk assessment, genetic counseling, and genetic testing for BRCA-related cancer in women: U.S. Preventive Services Task Force recommendation statement / V.A. Moyer // Ann Intern Med. – 2014. - № 160. – P. 271–281.
26. Mundhofir F.E. BRCA1 Gene Mutation Screening for the Hereditary Breast and/or Ovarian Cancer Syndrome in Breast Cancer Cases: a First High Resolution DNA Melting Analysis in Indonesia / F.E. Mundhofir, C.E. Wulandari, Y.W. Prajoko, T.I. Winarni // Asian Pac J Cancer Prev. – 2016. - № 17. – P. 1539-1546.
27. Shiovitz, S. Genetics of breast cancer: a topic in evolution / S. Shiovitz, L.A. Korde // Ann Oncol. – 2015. - № 26. – P. 1291–1299.
28. Sigal B.M. A simulation model to predict the impact of prophylactic surgery and screening on the life expectancy of BRCA1 and BRCA2 mutation carriers / B.M. Sigal [et al.] // Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. – 2012. - № 21. – P. 1066–1077.
29. Антоненкова Н.Н. Изучение безрецидивной выживаемости больных раком молочной железы в зависимости от клинико-морфологических характеристик опухоли и вида адъювантной эндокринотерапии / Н.Н. Антоненонкова// URL: http://www.mednovosti.by›journal.aspx?id=198