На территории Тебердинского заповедника площадью 83 400 га помимо природного комплекса расположены населенные пункты, сельскохозяйственные угодья, крупные предприятия по переработке сельскохозяйственной продукции, курортный поселок Домбай. При обсуждении состояния соблюдения правил заповедного режима представителем природоохранной прокуратуры было высказано мнение, что структура заповедного комплекса и фактический его режим не соответствуют требованиям охраны заповедников.