Ковалентный докинг

Задание
1) Выяснить как в autodock vina (или возможно в autodock 4) моделировать ковалентный докинг белка с лигандом
2) Взять из pdb 6ZRB белок SMYD3 (chain A до TER с 1 до 3417) и лиганд 11С (hetatom HETATM 3446 C11 QON до HETATM 3465 C20 QON)
в качестве области поиска сайта стыковки взять небольшую область около точки где в комплексе сидит 11С (координаты 11 С в pdb это как раз координаты лиганда в комплексе)
3) И промоделировать именно ковалентный докинг, т.е. там должна образоваться ковалентная связь, а не просто посчитать энергию электростатики, вандерваалься и т.д.