Доклад по сигнальным и метаболическим сетям в клетке

Структура:

Выбрать какую-то систему (структуру) – множество ферментов, которые заполняют какой-то метаболический или сигнальный путь и связаны друг с другом структурно (один метаболический путь или активируют друг друга в сигнальном пути и выполняют одну задачу). Дальше нужно охарактеризовать эту систему по следующим пунктам:

«Досье» на систему:

Тип системы: house keeping, сигнализация управления, реализация конкретных задач. Регуляцию системы генов не рассматривать

Архитектура системы (наличие положительных обратных связей, как система выглядит в целом, метаболический это путь или ферментативный каскад)

Вспомогательная архитектура (пример: гликолиз надо дополнять расходом АТФ, т. е. «потребителем» АТФ, иначе гликолиз будет разомкнутым)

Молекулярная природа (фосфорилирование или протеолиз, место в биосфере – где в клетке, в каких тканях работает)

Как анализировать?

Досье – 1-2 слайда

Физиологическое задание – конкретизация физиологической функции (например, физиологическая функция гликолиза – производство АТФ. Производство АТФ при недостатке кислорода - гидролиз глюкозы с образованием АТФ и восстановленных переносчиков электронов при недостатке кислорода, ферментирование, накопление в гепатоцитах, быстрое превращение глюкозы в пируват)

Определить необходимые режимы работы системы, свойства и сочетания режимов (пример: в свертывании распространение в пространстве в системе кальциевых осцилляций или стабильный подъем кальция или поддержание на нулевом уровне)

Связать архитектуру с ее рабочими режимами (общее место следует из предыдущего)

Определить модуляторы работы системы (описательная часть, можно привести или нет)

Причины конкретной реализации (естественно не все, просто отдельные соображения)

Можно выбрать любую систему, связанную с остеобластами, например, можно взять систему, отвечающую за дифференцировку из предшественников остеобластов в остеобласты (это что-то с регуляцией генов). Тогда по пунктам:

- тип - регуляция генов с элементами сигнализации и управления

- архитектура - ? Наверное какой-то каскад от рецепторов, запускающих дифференцировку и много-много стрелочек и обратных связей в регуляции генов. Или только один ген.

- Вспомогательная архитектура - наверно, надо сказать пару слов, за какие системы отвечают регулируемые гены, что меняется в клетке при дифференцировке

- Молекулярная природа - в каскадах - фосфорилирование, в генах - связывание/отвязывание от промоторов, экспрессия регуляторов

- Место в биосфере - у всех, у кого есть кости

- Локализация - цитоплазма (сигнальный каскад), ядро (регуляция генов)

- Ткань - кости

- Компартмент/фаза - см. локализацию, если нет каких-то нюансов

- Физиологическая задача - надо аккуратно почитать, зачем они это делают в той или иной ситуации. Например, это может быть так: нормальный рост костей при взрослении, обновление костной ткани у взрослого, восстановление кости в месте повреждения при переломе, обновление пула стареющих остеобластов

- остальное - надо закапываться

На это всё слайда 3-4

Основное внимание физиологическим задачам и вопросу, почему система устроена так, а не иначе

Итог:

Необходим будет текстовый документ для доклада на 20 минут + небольшая презентация