Моделирование спиральных структур в нанотрубках

Надо развить работу другого человека, который смоделировал нанотрубки и посчитал минимумы потенциальной энергии. Мне надо смоделировать траекторию полета атома в нанотрубкею, учесть потерю энергии и получить остановки атомов в минимумах потенциальной энергии.

Моделировать буду с помощью компьютера самостоятельно, для этого мне нужна теоретическая база, теоретическая часть дипломной работы, по котороый можно посчитать траекторию полета и т.д